巨石斑鱼与斜带石斑鱼线粒体基因组测序及物种有效性分析

作     者：梁日深 杨杰銮 谢瑞琳 陈厚桦 李江涛 秦真东 林蠡 李清清 Liang Rishen;Yang Jieluan;Xie Ruilin;Chen Houhua;Li Jiangtao;Qin Zhendong;Lin Li;Li Qingqing

作者机构：仲恺农业工程学院动物科技学院广东广州510225 广东省水环境与水产品安全工程技术研究中心广东广州510225 广东省水禽健康养殖重点实验室广东广州510225 广州市水产病害与水禽养殖重点实验室广东广州510225 

出 版 物：《中国海洋大学学报（自然科学版）》 (Periodical of Ocean University of China)

年 卷 期：2022年第52卷第6期

页      面：50-61页

核心收录：

学科分类：0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：广东省自然科学基金项目(2018A0303130104) 国家自然科学基金项目(31802300) 广东省教育厅特色创新类项目(2019KTSCX061) 广东省大学生创新创业训练计划项目(202011347047)资助 

主　　题：巨石斑鱼 斜带石斑鱼 线粒体基因组 序列分析 系统进化 

摘      要：为从分子水平阐明巨石斑鱼(Epinephelus tauvina)与斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)的物种有效性及分类地位,本研究采用PCR扩增和测序的方法获得巨石斑鱼和斜带石斑鱼线粒体基因组全序列,对两基因组结构特征及序列差异进行比较分析。研究表明,巨石斑鱼与斜带石斑鱼的线粒体全长分别为16787和16798 bp,序列共存在11 bp长度差异。两种石斑鱼线粒体基因组全序列由13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一段非编码控制区(D-loop区)组成。对两种石斑鱼线粒体基因组13个蛋白编码基因、2个rRNA及D-loop区等分子标记序列比对分析可知,两种石斑鱼16个基因序列遗传距离差异在5.9%(16S rRNA)~40.6%(D-loop)之间,这揭示了巨石斑鱼与斜带石斑鱼在分子水平上存在较大遗传差异,超出了种以上的分化水平。基于12个蛋白编码基因构建的分子系统进化树显示,巨石斑鱼与蜂巢石斑鱼(Epinephelus merra)聚为一支,斜带石斑鱼与马拉巴石斑鱼(Epinephelus malabaricus)聚为一支,两者位于不同的分支类群,进化地位相对较远。研究结果表明,两种石斑鱼虽然外部形态特征极为相似,但分子水平存在巨大差异,亲缘关系较远,两者不能混淆为同一物种。