双歧杆菌属特异性定量引物的设计及验证

作     者：高旭 白晓晔 郑慧娟 孙志宏 张和平 钟智 Xu Gao;Xiaoye Bai;Huijuan Zheng;Zhihong Sun;Heping Zhang;Zhi Zhong

作者机构：内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室内蒙古呼和浩特010018 内蒙古农业大学农业农村部奶制品加工重点实验室内蒙古呼和浩特010018 

出 版 物：《微生物学报》 (Acta Microbiologica Sinica)

年 卷 期：2020年第60卷第3期

页      面：545-555页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 071005[理学-微生物学] 

基　　金：国家自然科学基金(31720103911,31601451) 内蒙古自治区科技重大专项(ZDZX2018018) 内蒙古自治区自然科学基金(2019MS03020)。 

主　　题：双歧杆菌属 特异性引物 定量 验证 微滴式数字PCR 

摘      要：【目的】旨在设计一对双歧杆菌属特异性引物以检测不同样品中低丰度双歧杆菌的含量。【方法】在NCBI中下载57株双歧杆菌全基因组序列,以其共有单拷贝核心基因为目的片段设计双歧杆菌属特异性引物;并对引物进行PCR初筛和特异性复筛;之后借助ddPCR(Droplet Digital PCR,微滴式数字PCR)依次对筛选出的引物进行特异性、灵敏度和实用性验证。【结果】引物Bif-D-9特异性最好,可扩增出4株双歧杆菌而不能扩增20株非双歧杆菌中的任何一株菌;同时通过ddPCR仪定量稀释后的DNA,其扩增结果呈线性下降趋势,证明其灵敏度较好;另外,Bif-D-9结合ddPCR定量出婴儿粪便中双歧杆菌的拷贝数为71 copies/μL,母亲粪便中双歧杆菌的拷贝数为2.7 copies/μL,证明了该方法的实用性。【结论】引物Bif-D-9具有双歧杆菌属特异性,且灵敏度较高、实用性较好,适用于复杂样品中双歧杆菌属定量。