牦牛皱胃全长转录组测序分析

作     者：谢书琼 马士龙 唐娇 刘益丽 江明锋 XIE Shuqiong;MA Shilong;TANG Jiao;LIU Yili;JIANG Mingfeng

作者机构：西南民族大学青藏高原动物遗传资源保护与利用教育部和四川省重点实验室成都610041 西南民族大学青藏高原研究院成都610041 西南民族大学畜牧兽医学院成都610041 

出 版 物：《中国畜牧兽医》 (China Animal Husbandry & Veterinary Medicine)

年 卷 期：2022年第49卷第5期

页      面：1610-1620页

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 

基　　金：西南民族大学研究生创新型科研项目(CX2021SZ23) 西南民族大学中央高校基本科研业务费专项资金资助(3300221780) 四川省科技计划项目/四川省重点研发项目(2021YFYZ0001) 四川省重点研发项目(2021YFN0001) 

主　　题：牦牛 皱胃 全长转录组 第3代测序 功能注释 

摘      要：【目的】获得牦牛(Bos grunniens)皱胃全长转录组数据库,深入挖掘牦牛皱胃功能基因。【方法】采用PacBio Sequel高通量测序系统,使用单分子实时(single molecular real time,SMRT)测序技术对成年牦牛皱胃全长转录组进行测序,对原始数据进行质控和去冗余分析,再比对参考基因组获取过滤后的非重复序列(Unigenes),使用多种生物信息软件对牦牛皱胃全长转录本数据进行功能注释、转录因子注释、编码区预测、简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)分析及可变剪接分析。【结果】通过测序共获得14467420条子序列,平均子序列长度为3344.23 bp,质控得到循环一致性序列(CCS)有296840条,全长非嵌合(FLNC)序列有277402条,过滤和去冗余后对比参考基因组最终获得8556条Unigenes。通过与NR、Swiss-Prot、KEGG、KOG、eggNOG、GO和Pfam数据库比对,对Unigenes进行注释,其中NR数据库注释了8544条Unigenes;Swiss-Prot数据库注释了8475条Unigenes;KEGG数据库注释了1721条Unigenes;KOG数据库注释了6572条Unigenes;eggNOG数据库注释了8491条Unigenes;GO数据库注释了7725条Unigenes;Pfam数据库注释了8162条Unigenes。此外,经鉴定或预测,还获得了943个转录因子、8544个编码区片段、3596个SSR位点和1825个可变剪接事件。【结论】本研究获得了较为可靠的牦牛皱胃全长转录组数据,可为进一步研究牦牛皱胃生物学特性、相关代谢途径、信号通路及其分子机制提供数据支持。