基于GEO数据库构建精神分裂症miRNA-mRNA调控网络

作     者：何梅 游旭 杨云斌 李艳萍 张丽芬 卢自祥 张云桥 龙青 马晓 曾勇 He Mei;You Xu;Yang Yunbin;Li Yanping;Zhang Lifen;Lu Zixiang;Zhang Yunqiao;Long Qing;Ma Xiao;Zeng Yong

作者机构：红河州第二人民医院云南红河654300 昆明医科大学第六附属医院云南玉溪653100 

出 版 物：《四川精神卫生》 (Sichuan Mental Health)

年 卷 期：2022年第35卷第2期

页      面：120-125页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100205[医学-精神病与精神卫生学] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(项目名称:LncRNA XIST41通过IL-6调控神经炎症影响精神分裂症发病的机制研究,项目编号:81960254) 国家自然科学基金项目(项目名称:LncRNA LINCO1547靶向miR-34c-5p促进IL-1β表达影响精神分裂症发病的机制研究,项目编号:82060257)。 

主　　题：精神分裂症 miRNA mRNA 调控网络 生物信息学 GEO 

摘      要：目的构建miRNA-mRNA调控网络,为探索精神分裂症的分子遗传学发病机制研究提供新的思路。方法于2021年7月在GEO数据库下载精神分裂症外周血miRNA(GSE54578)和死后大脑扣带回mRNA(GSE145554)微阵列数据集,利用GEO2R获取差异表达的miRNA和mRNA,筛选具有靶向mRNA的差异表达miRNA并预测其上游潜在的转录因子;然后,将差异表达miRNA所靶向mRNA与GSE145554数据集所获取的差异表达mRNA取交集基因;最后,对交集基因实施GO和KEGG通路富集分析以揭示它们的生物学功能,构建交集基因PPI网络和miRNA-mRNA调控网络。结果GSE54578共识别出8个上调且具有靶向mRNA的差异表达miRNA,差异表达miRNA共预测出转录因子10个;GSE145554识别出247个下调的差异表达mRNA,取交集基因后筛选出17个目标mRNA;GO分析显示,目标mRNA主要参与星形胶质细胞的分化与发育等,KEGG通路富集分析显示,目标mRNA主要参与Rap1和Ras信号传导通路等,PPI网络分析显示,mRNA(KRAS和CD28)可能是精神分裂症的关键基因。结论基于GEO数据库并整合生物信息学不仅能识别精神分裂症的潜在易感基因,并有助于构建精神分裂症miRNA-mRNA调控网络。