全局基因调控网络构建CPU/GPU并行算法

作     者：陈绪伟 钟诚 CHEN Xu-wei;ZHONG Cheng

作者机构：广西大学计算机与电子信息学院南宁530004 

出 版 物：《小型微型计算机系统》 (Journal of Chinese Computer Systems)

年 卷 期：2015年第36卷第2期

页      面：234-239页

核心收录：

学科分类：08[工学] 081202[工学-计算机软件与理论] 0812[工学-计算机科学与技术（可授工学、理学学位）] 

基　　金：国家自然科学基金项目(61462005)资助 广西自然科学基金项目(2014GXSFAA118396)资助 广西教育厅-广西大学博士点建设基金项目(P11900119)资助 广西研究生教育创新计划项目(YCSZ2013006)资助 

主　　题：全局基因调控网络 CPU与GPU协同计算 访存高效 并行算法 

摘      要：对基因表达谱分块,使之符合GPU并行计算的线程结构特性,根据GPU线程结构特性设计双层并行模式,并利用纹理缓存实现访存高效;依据CPU二级缓存容量对基本块进一步细分成子块以提高缓存命中率,利用数据预取技术减少访存次数,利用线程绑定技术减少线程在核心之间的迁移;依据多核CPU和GPU的计算能力分配CPU和GPU的基因互信息计算任务以平衡CPU与GPU的计算负载;在设计新的阈值计算算法基础上,设计实现了访存高效的构建全局基因调控网络CPU/GPU并行算法.实验结果表明,与已有算法相比,本文算法加速更明显,并且能够构建更大规模的全局基因调控网络.