陕甘花楸叶绿体基因组及其与爪瓣花楸的系统关系

作     者：汤晨茜 仇志欣 檀超 钱羽铭 陈昕 TANG Chenqian;QIU Zhixin;TAN Chao;QIAN Yuming;CHEN Xin

作者机构：南京林业大学生物与环境学院南方现代林业协同创新中心南京210037 

出 版 物：《园艺学报》 (Acta Horticulturae Sinica)

年 卷 期：2022年第49卷第3期

页      面：641-654页

核心收录：

学科分类：090706[农学-园林植物与观赏园艺] 0907[农学-林学] 09[农学] 

基　　金：江苏省自然科学基金项目(BK20141472) 江苏高校优势学科建设工程项目(PAPD)。 

主　　题：花楸 叶绿体基因组 基因组比较 系统演化分析 

摘      要：采用高通量测序技术分析了陕甘花楸(Sorbus koehneana)的叶绿体全基因组,并探讨其与爪瓣花楸(S.unguiculata)的关系。陕甘花楸叶绿体基因组全长159873 bp,GC含量为36.60%,呈典型的四分体结构,包含1个小单拷贝区(SSC,19218 bp)、1个大单拷贝区(LSC,87899 bp)和1对反向重复序列(IRa和IRb,26378bp);共注释到108个基因,包括76个蛋白编码基因,4个r RNA基因,28个tRNA基因;检测到47个简单重复序列(SSR)和48个分散重复序列(INE)。花楸属植物叶绿体基因组在大小、基因类型、密码子、内含子和GC含量等方面高度保守,但不同的重复序列和位于非编码区的12个变异热点区域可用作后续物种遗传多样性和亲缘关系研究。系统发育分析结果显示陕甘花楸位于花楸属复叶亚属,与爪瓣花楸和钝齿花楸(S.helenae)亲缘关系较近;不支持将爪瓣花楸作为陕甘花楸的异名处理,建议恢复爪瓣花楸物种名称。