基于SMRT技术的水杉全长转录组分析及基因功能注释

作     者：刘小红 LIU Xiaohong

作者机构：西华师范大学生命科学学院四川南充637002 西南野生动植物资源保护教育部重点实验室四川南充637002 

出 版 物：《湖南农业大学学报（自然科学版）》 (Journal of Hunan Agricultural University(Natural Sciences))

年 卷 期：2022年第48卷第1期

页      面：27-32页

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 071007[理学-遗传学] 

基　　金：西华师范大学科研项目(19B033)。 

主　　题：水杉 单分子测序技术 全长转录组 基因 功能注释 

摘      要：以水杉原生种为材料,提取其幼嫩植株的根、茎和叶的总RNA,经mRNA纯化、反转录、全长转录组文库构建等过程,再采用SMRT技术测定其全长转录本序列,运用生物信息学对获得的原始转录组数据进行分析。结果显示:提取的总RNA符合建库要求;全长转录组测序共获得了包含5914711个亚读段(subreads)的14.0 Gb的数据,质量控制处理后包括236130个全长非嵌合读段(reads)和97626个一致性reads;转录本经去冗余处理后共获得61057个全长一致性读段(unigenes),其中有54099个被成功注释到7个数据库中,注释比达88.60%;对水杉unigenes作CDS(coding sequence)长度分布及转录因子分析,其CDS长度范围为144~6477 nt,平均长度约为679 nt;共检测到2386个转录因子,这些转录因子可以归类为29个家族。