沼泽红假单胞菌相似菌株间差异功能模体的筛选和分析

作     者：杨艳北 许晶 马荆鄂 冯育林 孙勇 Yang Yanbei

作者机构：江西中医药大学博士后流动站/正邦集团有限公司博士后工作站江西南昌330000 南昌师范学院生物技术研究院/江西省地方鸡种遗传改良重点实验室江西南昌330000 南昌师范学院生命科学学院江西南昌330000 

出 版 物：《江苏农业科学》 (Jiangsu Agricultural Sciences)

年 卷 期：2022年第50卷第3期

页      面：73-78页

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 0828[工学-农业工程] 08[工学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 0901[农学-作物学] 0836[工学-生物工程] 090102[农学-作物遗传育种] 

基　　金：江西省教育厅科学技术研究项目(编号:GJJ181090、GJJ202631、GJJ191131) 南昌师范学院博士科研启动基金(编号:NSBSJJ2018023) 南昌师范学院校级科研项目(编号:20RWYB02) 

主　　题：沼泽红假单胞菌 功能模体 Python程序 生物信息学 

摘      要：从功能模体水平上,探索沼泽红假单胞菌相似菌株间功能差异的机理。利用循环遍历算法和Python特有的字典数据格式,编写脚本***和difference ***,筛选沼泽红假单胞菌CGA009和YSC3差异功能模体。沼泽红假单胞菌CGA009独有14种功能模体,功能主要集中在DNA复制、合成、修复、重排和结构稳定;蛋白质合成;呼吸链的电子转移;细胞的增殖和分化;生长和繁殖;代谢途径的补充;离子运输;清除毒性物质甲基乙二醛。沼泽红假单胞菌CGA009独有5种功能模体,功能主要集中在重金属铜的抗性、降解生物胺、调节生物节律和光周期。沼泽红假单胞菌CGA009对紫外线和化学试剂具有抵抗能力,DNA骨架结构更稳定,生长和繁殖性能更强。沼泽红假单胞菌YSC3,对光照反应更加敏感,对重金属铜具有抵抗能力,能够降解生物胺,生存能力更强。本研究编写的Python脚本,广泛适用于细菌、真菌、动物、植物等所有物种。