西藏砂生槐EST-SSR引物开发及多态性检测

作     者：符亚茹 李少珂 姚卫杰 李慧娥 

作者机构：西藏大学农牧学院西藏林芝860000 

出 版 物：《江苏农业科学》 (Jiangsu Agricultural Sciences)

年 卷 期：2015年第43卷第11期

页      面：78-81页

学科分类：07[理学] 0713[理学-生态学] 

基　　金：国家自然科学基金(编号:31260189) 西藏特色农牧资源研发协同创新中心建设--高原生态 

主　　题：砂生槐 转录本 EST-SSR 多态性 引物 

摘      要：砂生槐为青藏高原特有灌木种,具有重要生态价值。开发多态EST-SSR引物对其居群遗传多样性研究及保护策略的制定具有重要意义。利用SciRoKo v3.4软件对前期获得的砂生槐转录组中146 943个转录本进行扫描共发现9428个SSR位点。转录本中的微卫星种类十分丰富,其中以三核苷酸和五核苷酸重复最多,分别占SSR总位点数的33.32%和21.70%,重复次数主要集中在3-9次重复。其中（AG/CT）n、（GA/TC）n、（GAA/TTC）n、（AAAAT/ATTTT）n重复基序最多,占总重复基序的4.50%、4.34%、3.13%和2.44%。本研究中设计130对ESTSSR引物,有80对扩增出预期大小条带,经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,最终有11对具有较高多态性,且对于30个模板得到的位点平均等位基因数为2.9;观测杂合度（HO）和期望杂合度（HE）平均值分别为0.423 9和0.3364。