乙型脑炎病毒感染PK15细胞的lncRNA差异表达谱分析

作     者：朱静静 戴政列 汪涵 李向臣 赵阿勇 周晓龙 杨松柏 ZHU Jingjing;DAI Zhenglie;WANG Han;LI Xiangchen;ZHAO Ayong;ZHOU Xiaolong;YANG Songbai

作者机构：浙江农林大学动物科技学院·动物医学院临安311300 

出 版 物：《畜牧兽医学报》 (ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA)

年 卷 期：2022年第53卷第1期

页      面：272-281页

核心收录：

学科分类：090603[农学-临床兽医学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

基　　金：浙江省自然科学基金(LY19C170003) 浙江省重点研发计划(2021C04034)。 

主　　题：猪 乙型脑炎病毒 先天免疫反应 PK15细胞 高通量测序 

摘      要：旨在分析乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)感染猪肾上皮细胞PK15后的lncRNA差异表达谱,探究宿主lncRNA在JEV感染和宿主防御中的潜在功能。本研究中利用JEV感染PK15细胞,感染36 h,收集细胞,同时设立未感染对照组,每组3个生物学重复。提取细胞总RNA,构建cDNA文库后进行高通量测序,筛选出差异表达lncRNA。通过对差异表达lncRNA与mRNA的位置关系以及序列相似性预测顺式和反式作用的靶基因,将预测的靶基因进行GO和KEGG分析。最后随机选出9个差异表达lncRNAs,利用实时荧光定量PCR(quantitative reverse transcription PCR,qRT-PCR)技术进行表达验证。结果表明,本研究中共鉴定出856个差异表达lncRNAs,其中452个lncRNAs显著上调表达,404个lncRNAs显著下调表达。GO分析发现,lncRNA的靶基因主要富集于先天性免疫反应;KEGG通路分析发现lncRNA的靶基因显著富集于肿瘤坏死因子、Toll样受体和NF-κB等信号通路。通过qRT-PCR验证发现,定量结果和测序结果基本一致。本研究为进一步探究lncRNA参与宿主免疫反应调控JEV复制奠定了理论基础。