基于高通量GBS-SNP标记分析比较4种石斛的差异和亲缘关系

作     者：叶梅荣 王晓鹏 周玉丽 Ye Meirong;Wang Xiaopeng;Zhou Yuli

作者机构：安徽科技学院生命与健康科学学院凤阳233100 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2022年第20卷第1期

页      面：193-201页

学科分类：1008[医学-中药学(可授医学、理学学位)] 10[医学] 

基　　金：安徽省自然科学基金项目(1808085MC78) 安徽科技学院稳定人才项目基金(SKWD201601)共同资助。 

主　　题：单核苷酸多态性 石斛 Clean reads 邻接树 

摘      要：本研究以黄石斛(Dendrobium catenatum Lindl.)作为参考基因组,用GBS-SNP标记比较分析4种石斛(霍山石斛,铁皮石斛,细茎石斛,梵净山石斛)的差异和亲缘关系,以期为这4种石斛的研究提供参考。结果表明:4种石斛每个样本产生的clean reads值分别为1390262、1286162、1380009、1170337;每个样本的单核苷酸多态性位点(SNP)数目分别为1507746、893333、1364605和1227006个;Admixture软件分析遗传结构显示:最佳的K值是2时,铁皮石斛聚为一支,其余石斛聚为一支;而当K=3时,铁皮石斛聚为一支,部分霍山石斛与细茎石斛、梵净山石斛聚为一支,另一部分霍山石斛聚为一支;K=4时,分为4支,铁皮石斛聚为一支,细茎石斛与梵净山石斛聚为一支,霍山石斛被分为两支,这结果与邻接NJ树相似;主成分分析(PCoA)显示91个石斛样本被分为三支,铁皮石斛聚为一支,霍山石斛聚为一支,细茎石斛和梵净山石斛聚为一支。根据本研究结果揭示铁皮石斛与其余3种石斛亲缘关系较远,细茎石斛与梵净山石斛亲缘关系较近,霍山石斛可被分为两大支,其中一支霍山石斛与细茎石斛、梵净山石斛亲缘关系较近。本研究证实了GBS产生高通量SNP可应用于不同种石斛或其他不同种植物的亲缘关系鉴定。