人类免疫缺陷病毒整合酶二酮酸类抑制剂的三维药效团构建

作     者：张小轶 刘斌 何红秋 杨东 王存新 ZHANG Xiao-Yi;LIU Bin;HE Hong-Qiu;YANG Dong;WANG Cun-Xin

作者机构：北京工业大学生命科学与生物工程学院北京100124 

出 版 物：《物理化学学报》 (Acta Physico-Chimica Sinica)

年 卷 期：2009年第25卷第5期

页      面：817-824页

核心收录：

学科分类：1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 100701[医学-药物化学] 10[医学] 

基　　金：北京市自然科学基金(5072002) 北京市属市管高等学校人才强教计划(J0015001200801)资助 

主　　题：人类免疫缺陷病毒 整合酶 二酮酸类 抑制剂 药效团 遗传算法相似性程序 

摘      要：应用遗传算法相似性程序(GASP),以作用于I型人类免疫缺陷病毒(humanimmun-odeficiency virustype1,HIV-1)整合酶(IN)的二酮酸类(diketoacids,DKAs)抑制剂构建药效团模型.所选训练集分子均具有可靠的类药性特征及DKAs药效团特征.尝试将抑制剂与药效团叠合后的构象和抑制剂与IN的对接构象进行叠合,得到药效团模型与分子对接构象中IN残基的相对位置,并基于抑制剂的药效团模型特征与周围IN氨基酸残基位置的匹配情况进行药效团特征的修改.所得最优药效团由1个疏水特征、3对氢键特征和1个氢键供体特征组成.该药效团的命中物质量(goodness of hit,GH)为0.56,产出率(Y)达63.6%,假阳性率(FP)为0.41%.该药效团具有较好的置信度,产出率较高而假阳性率较低,可用于数据库搜索发现新的具有DKAs药效团特征的活性化合物,也可为先导化合物的改造提供帮助.