基于增强子RNA建立肝细胞癌预后模型

作     者：范阿慧 张瑞 周金池 何阳菘 樊代明 赵晓迪 卢瑗瑗 FAN Ahui;ZHANG Rui;ZHOU Jinchi;HE Yangsong;FAN Daiming;ZHAO Xiaodi;LU Yuanyuan

作者机构：空军军医大学西京消化病医院肿瘤生物学国家重点实验室国家消化系统疾病临床医学研究中心 

出 版 物：《中国癌症防治杂志》 (Chinese Journal of Oncology Prevention and Treatment)

年 卷 期：2021年第13卷第5期

页      面：452-457页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(81871913) 国家优秀青年科学基金项目(81822031) 

主　　题：肝细胞癌 增强子RNA 预后 生物信息学 

摘      要：目的基于增强子RNA(enhancer RNA,eRNA)构建肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)预后模型,并寻找理想的预后生物标志物。方法利用癌症基因图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库eRNA表达谱和HCC患者临床数据筛选出关键eRNA,采用Lasso-Cox回归建立预后模型,以时间依赖性受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评估模型区分度,并对关键eRNA进行生存分析和富集分析。结果共筛选出27个关键eRNA。Lasso-Cox回归选定其中10个eRNA构建预后预测模型。时间依赖性ROC曲线1年、3年、5年的AUC分别为0.73、0.66、0.67。DCP1A与HCC患者预后显著相关,且与肿瘤状态、病理分级、临床分期相关(均P0.05)。富集分析提示DCP1A主要位于细胞核内,通过发挥解旋酶、泛素化等活性,参与染色质修饰等生物学过程,且与癌症相关通路有关。结论基于eRNA构建的预后模型可作为预测HCC患者生存的有效工具,DCP1A可能是HCC潜在的预后生物标志物。