CDK1、CCNB1和NDC80与乙型肝炎相关肝细胞癌的预后和进展相关:基于生物信息学方法

作     者：李玉杰 吴登强 韦常宏 杨雪佳 周素芳 LI Yujie;WU Dengqiang;WEI Changhong;YANG Xuejia;ZHOU Sufang

作者机构：广西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室广西南宁530021 广西医科大学长寿与老年相关疾病教育部重点实验室广西南宁530021 广西医科大学广西高校生物分子医学研究重点实验室广西南宁530021 广西医科大学区域性高发肿瘤早期防治研究教育部重点实验室广西南宁530021 

出 版 物：《南方医科大学学报》 (Journal of Southern Medical University)

年 卷 期：2021年第41卷第10期

页      面：1509-1518页

核心收录：

学科分类：1004[医学-公共卫生与预防医学(可授医学、理学学位)] 1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 100401[医学-流行病与卫生统计学] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金(81872491) 广西科技研究基地和人才专项计划(AD18126021) 区域性高发肿瘤早期防治研究教育部重点实验室(GKE2018-03,GKE2019-09,GKE-ZZ202007) 

主　　题：肝细胞癌 慢性乙型肝炎病毒 关键基因 CDK1 CCNB1 NDC80 

摘      要：目的探讨HBV转化为HCC相关的关键基因,并探索相关的分子机制。方法分析基因表达综合(GEO)数据库中GSE55092、GSE84044和GSE121248的mRNA微阵列数据,其中包括119个HBV相关的HCC组织和252个HBV相关的非肿瘤组织。“svaR包用于去除批间差。进行整合分析,获取HBV相关肝癌和HBV组织中的差异表达基因(DEGs),通过基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析对差异表达基因进行功能注释。使用相互作用基因搜索工具(STRING)构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,挖掘最重要的模块和关键基因。cBioportal用于分析hub基因的相关性。利用Kaplan-Meier和Oncomine数据库对TCGA数据库中肝癌基因表达数据进行验证,探讨hub基因与肝癌发生、发展和预后的关系。通过逆转录定量PCR(RT-qPCR)实验验证17对临床肝细胞癌样本与邻近非肿瘤组织中hub基因的表达。结果共获得121个DEGs(P0.01),鉴定出3个遗传标记,细胞周期素依赖性激酶1(CDK1)、细胞周期蛋白B1(CCNB1)和核分裂周期蛋白80(NDC80),与细胞周期、嘧啶代谢和DNA复制有关,这3个基因高度相关(P0.05)。UALCAN数据库证实这些基因在肝癌组织中高表达并获得相关预后信息。Kaplan-Meier表明,它们与HCC患者的低存活率相关。CDK1、CCNB1和NDC80与肝癌分级相关(P0.05),RT-qPCR实验证实CDK1、CCNB1和NDC80的mRNA在肝细胞癌中的表达明显高于癌旁组织。结论CDK1、CCNB1和NDC80基因可作为HBV相关肝细胞癌的预后标志物,在肝癌的基础研究和临床治疗方面有一定的应用价值。