咨询与建议

看过本文的还看了

相关文献

该作者的其他文献

文献详情 >控制桃粘/离核PG基因的BAC克隆筛选与序列分析 收藏

控制桃粘/离核PG基因的BAC克隆筛选与序列分析

Screening and Sequence Analysis of BAC Clone Contained PG Gene Controlling Clingstone/Freestone Characteristic of Peach

作     者:孟君仁 牛良 邓丽 潘磊 鲁振华 崔国朝 王志强 曾文芳 MENG JunRen;NIU Liang;DENG Li;PAN Lei;LU ZhenHua;CUI GuoChao;WANG ZhiQiang;ZENG WenFang

作者机构:中国农业科学院郑州果树研究所/国家桃葡萄改良中心/农业部果树育种技术重点实验室 

出 版 物:《中国农业科学》 (Scientia Agricultura Sinica)

年 卷 期:2021年第54卷第20期

页      面:4396-4404页

核心收录:

学科分类:09[农学] 0902[农学-园艺学] 090201[农学-果树学] 

基  金:国家重点研发计划(2019YFD1000200) 国家自然科学基金(31872085) 河南省科技攻关项目(202102110037) 

主  题: 粘/离核 PG基因 BAC文库 

摘      要:【目的】控制桃果实粘/离核性状的多聚半乳糖醛酸酶(polygalacturonase,PG)基因存在串联重复和大片段的缺失。本研究对粘核桃所处的F-M基因座序列特征进行分析,为开发相关分子标记提供依据。【方法】本研究利用构建的粘核桃单株‘87-7-1’基因组的细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome,BAC)文库,通过PCR筛选出含F-M基因座的阳性克隆,利用单分子纳米孔技术进行全长测序,并对BAC克隆中的插入片段进行基因注释、序列比对和生物信息学分析。【结果】利用已有桃品种的基因组重测序数据设计PCR引物,以BAC文库为模板,扩增F-M基因座上/下游稳定共有的序列,获得了扩增产物上/下游条带均为阳性的目标单克隆46-B-10。全长测序结果表明,BAC克隆的插入片段全长为111 612 bp,GC含量为37.03%。利用基因同源共线性方法对Prunusersica2.0桃参考基因组和BAC克隆之间的同源信息进行比对分析,确定了同源区域。而与已知的桃参考基因组(测序品种为‘Lovell’,离核)序列进行比对,发现只有5个基因(Prupe.4G261700、Prupe.4G261800、Prupe.4G261900、Prupe.4G262000、Prupe.4G262500)序列能比对到该单克隆全长的区域,而‘87-7-1’在相应位置缺失了4个基因共34 kb,其中包括控制桃粘/离核的EndoPGF(Prupe.4G262200)。【结论】与桃参考基因组测序品种‘Lovell’相比,粘核桃单株‘87-7-1’的F-M基因座缺失了EndoPGF,只有EndoPGM,本研究明确了粘核桃F-M基因座的结构变异情况,为粘/离核性状分子标记的开发奠定了基础。

读者评论 与其他读者分享你的观点

用户名:未登录
我的评分