利用小RNA深度测序快速鉴定草莓病毒

作     者：何成勇 高德航 范灵姣 邢飞 李世访 王红清 HE Chengyong;GAO Dehang;FAN Lingjiao;XING Fei;LI Shifang;WANG Hongqing

作者机构：中国农业大学园艺学院北京100193 中国农业科学院植物保护研究所/植物病虫害生物学国家重点实验室北京100193 

出 版 物：《中国农业大学学报》 (Journal of China Agricultural University)

年 卷 期：2021年第26卷第8期

页      面：54-60页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090201[农学-果树学] 

基　　金：国家重点研发计划(2019YFD1001800) 国家重点研发计划政府间重点项目(2017YFE0010900)。 

主　　题：草莓 sRNA测序 草莓白化病毒 草莓毛形病毒 RT-PCR 

摘      要：病毒侵染直接影响草莓的生长发育及果实品质,快速检测及鉴定病毒是病毒防治的前提。本研究以‘丰香’草莓和‘哈尼’草莓为试材,利用小RNA(sRNA)测序结合RT-PCR技术对2种栽培草莓品种中存在的病毒进行了研究。对sRNA测序结果进行组装和注释,结果表明:在混合样品中共有242个contigs比对到5种草莓病毒,分别为草莓白化病毒(strawberry pallidosis associated virus,SPaV)、草莓镶脉病毒(strawberry vein banding virus,SVBV)、草莓斑驳病毒(strawberry mottle virus,SMoV)、草莓毛形病毒3(strawberry crinivirus 3,SCrV 3)和草莓毛形病毒4(strawberry crinivirus 4,SCrV 4)。利用RT-PCR技术对sRNA测序结果进行验证,结果表明:SMoV、SVBV和SCrV 3在‘丰香’草莓和‘哈尼’草莓中均检测到,而SPaV和SCrV 4只在‘哈尼’草莓样品中检测到。本研究利用sRNA测序技术鉴定了2个草莓品种中存在的病毒,首次在我国生产的同一个草莓品种中检测到5种病毒,为草莓病毒的检测和防控提供了新的思路。