基于GBS技术分析鲂鲌鱼类及其杂交子代的遗传结构
Genetic structure analysis of Megalobrama terminalis， Culter alburnus， Chanodichthys mongolicus and their hybrids based on GBS technology作者机构：杭州市农业科学研究院水产研究所 上海海洋大学农业农村部淡水水产种质资源重点实验室
出 版 物：《水产学报》 (Journal of Fisheries of China)
年 卷 期：2021年
核心收录：
基 金：现代农业产业技术体系专项(CARS-45-39) 杭州市农业科研主动设计项目(20162012A03) 杭州市农科院创新基金(2019HNCT-01)
主 题：三角鲂 翘嘴鲌 蒙古鲌 杂交 单核苷酸多态性 基因结构 基因分型测序
摘 要：为利用基因分型测序（GBS）技术对三角鲂、翘嘴鲌、蒙古鲌及其杂交子代的遗传结构进行分析。本研究采用GBS技术对三角鲂、翘嘴鲌、蒙古鲌及其杂交子代(F;)共6个个体的鳍条提取总DNA进行双酶切简化基因组测序，使用Stacks软件构建SNP比对参考基因组进行分析。结果显示，6个个体共产生clean data 7.01 GB，平均每个样品1.17 GB；将所有样本作为一个群体检测SNP变异，共检测出SNP位点399 145个，质控过滤后得到SNP位点97 911个。基于亲本及其子代的SNP位点分析表明，亲本及其子代的平均观测杂合度为0.339 4，平均期望杂合度为0.285 3，平均多态性信息含量为0.273 7，平均核苷酸多样性为0.372 7，平均最小等位基因频率为0.247 2，平均可分型样品比例为93.94%。基于不同群体间的遗传分化指数和遗传距离，研究表明，三角鲂、翘嘴鲌、蒙古鲌及其杂交子代间的分化指数为0.309 6～0.894 0，遗传距离为0.370 5～2.244 3。使用最大似然（ML）法构建的系统进化树显示，三角鲂、翘嘴鲌、蒙古鲌及其杂交子代区分明显。本研究通过对三角鲂、翘嘴鲌、蒙古鲌及其杂交子代的遗传结构分析，将为鲂鲌鱼类的杂交选育提供更多的遗传学数据。
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