4种河鲀全基因组微卫星分布特征分析

作     者：徐杰杰 郑翔 张鑫宇 王涛 尹绍武 Xu Jiejie;Zheng Xiang;Zhang Xinyu;Wang Tao;Yin Shaowu

作者机构：南京师范大学海洋科学与工程学院南京210023 

出 版 物：《基因组学与应用生物学》 (Genomics and Applied Biology)

年 卷 期：2021年第40卷第4期

页      面：1441-1451页

核心收录：

学科分类：0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：国家重点研发计划项目(2018YFD0900301) 国家自然科学基金青年基金项目(31800436) 江苏省自然科学基金青年基金项目(BK20180728)共同资助 

主　　题：河鲀 基因组 微卫星 特征分析 

摘      要：本研究利用MISA软件对四种河鲀全基因组中的微卫星进行筛选并分析。结果如下:在红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)(391.49 Mb)、菊黄东方鲀(T. flavidus)(366.29 Mb)、双斑东方鲀(T. bimaculatus)(371.68 Mb)及黑青斑河鲀(Tetraodon nigroviridis)(342.40 Mb)全基因组中,分别筛选出142 885个、135 009个、147 549个和179 703个完整型微卫星。相对丰度分别为365个/Mb,369个/Mb,397个/Mb和525个/Mb。微卫星总长度分别为2 876 322 bp,2 689 710 bp,3 140 445 bp和3 615 069 bp,分别占基因组序列总长度的0.73%,0.73%,0.84%和1.06%。在1~6个不同碱基重复类型完整型微卫星中,四种河鲀的6种碱基类型数目排序是一致的。均是单碱基重复数目最多,然后依次是二碱基、三碱基、四碱基、五碱基和六碱基。其中AC,A,C,AG,AGG,AT,AAT和AAC是四种河鲀共有的常见核心重复类别。东方鲀属(Takifugu)三种河鲀基因组微卫星分布特征极为相似,分析红鳍东方鲀和双斑东方鲀的遗传距离可能更为接近。鲀属(Tetraodon)黑青斑河鲀与其他三种东方鲀属河鲀除部分微卫星特征相似外,在微卫星总数、微卫星相对丰度和密度、部分碱基类型数目及类别方面和东方鲀属差距较大。这可能与两属鱼类地理分布及进行滑动复制的碱基组成有关,推测东方鲀属和鲀属基因组可能具有独特的进化机制。本研究为多种河鲀基因组特征分析、多种河鲀微卫星引物设计、不同属种河鲀遗传距离及亲缘关系的探究等奠定了基础。