基于长读数和重比对的倒位变异检测方法

作     者：罗军伟 杜彩云 霍占强 Luo Junwei;Du Caiyun;Huo Zhanqiang

作者机构：河南理工大学计算机科学与技术学院河南焦作454003 

出 版 物：《计算机应用研究》 (Application Research of Computers)

年 卷 期：2021年第38卷第7期

页      面：2169-2174页

学科分类：081203[工学-计算机应用技术] 08[工学] 0835[工学-软件工程] 0812[工学-计算机科学与技术（可授工学、理学学位）] 

基　　金：国家自然科学基金面上资助项目(61972134) 国家自然科学基金青年资助项目(61602156) 河南省科技攻关资助项目(192102210118) 河南理工大博士基金资助项目(B2018-36) 

主　　题：长读数 剪切读数 聚类 倒位变异 结构变异 

摘      要：结构变异检测是基因组大数据分析的一项重要任务,其中倒位变异是一种常见的结构变异,并往往与多种严重的疾病相关联,因此获取准确的倒位变异发生位置是一项具有重要研究意义的工作。提出了一种基于长读数和重比对的倒位变异检测方法,首先在长读数和基因组参考序列比对结果中提取每条长读数被剪切掉的序列;然后将剪切序列重新比对到基因组参考序列上,基于原始的比对信息和剪切序列的比对信息确定倒位变异信号;最后,对倒位变异信号进行聚类确定倒位变异发生的位置。该方法与较常见的其他两种倒位变异检测方法在两组数据集上进行了性能比较,实验结果表明该方法能取得更令人满意的检测结果。