两种嗜盐古菌中circRNA的鉴定与特征分析

作     者：雒雯琦 王小林 杨彦 单革 陈亮 LUO Wenqi;WANG Xiaolin;YANG Yan;SHAN Ge;CHEN Liang

作者机构：中国科学技术大学生命科学与医学部安徽合肥 230027 

出 版 物：《中国科学技术大学学报》 (Journal of University of Science and Technology of China)

年 卷 期：2020年第50卷第4期

页      面：457-466页

学科分类：0401[教育学-教育学] 04[教育学] 

基　　金：国家自然科学基金国家杰出青年科学基金 国家自然科学基金青年基金 

主　　题：地中海富盐菌 西班牙盐盒菌 环形RNA RNA测序 

摘      要：环形RNA(circRNA)是一类特殊的闭合环状RNA,主要由5 末端和3 末端通过反向剪接的方式共价结合形成.在多细胞动物中,circRNA具有一定的进化保守性和组织特异性.古菌作为生物三大领域之一,大多生活在高温、高盐、低氧等极端环境中.对古菌的研究是认知生命进化不可缺少的一环.目前对于古菌circRNA鉴定及特征并没有系统性的研究.选取了地中海富盐菌和西班牙盐盒菌两种嗜盐古菌为研究对象,利用RNA测序(RNA-seq)技术和生物信息学手段,鉴定出两种古菌中circRNA的存在,并深入分析了circRNA的特点;最后以分子生物学手段,对两种嗜盐古菌中部分circRNAs进行验证.在地中海富盐菌中,检测到67个circRNAs;在西班牙盐盒菌中,检测到133个circRNAs.在这两种嗜盐古菌中,circRNA主要源于16S rRNA、23S rRNA、16S rRNA-23S rRNA和蛋白编码基因序列.