基于mRNA-Seq技术分析猪瘟兔化弱毒株感染家兔后脾脏转录组学变化

作     者：邓玲聪 廖青 邓吉平 纪佳雨 袁露露 许道军 DENG Lingcong;LIAO Qing;DENG Jiping;JI Jiayu;YUAN Lulu;XU Daojun

作者机构：湖南农业大学动物医学院湖南长沙410128 中国科学院深圳先进技术研究院生物医药与技术研究所广东深圳518055 

出 版 物：《黑龙江畜牧兽医》 (Heilongjiang Animal Science And veterinary Medicine)

年 卷 期：2021年第7期

页      面：6-13页

学科分类：090601[农学-基础兽医学] 0905[农学-畜牧学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(31201968) 2019年湖南省研究生科技创新项目(CX20190510) 

主　　题：猪瘟兔化弱毒株 脾脏 mRNA-Seq 转录组分析 GO功能富集分析 KEGG信号通路分析 

摘      要：为了探究猪瘟兔化弱毒株(Chinese strain, C株)在家兔体内的病毒清除机制,试验以新西兰兔为材料,适应性喂养7 d后随机分为3组,即1个对照组和2个试验组,每组6只。2个试验组家兔分别在感染C株后第5天和第9天耳缘静脉注射空气处死,取出脾脏,获得T1和T2样本,采用TRIzol法提取脾脏总RNA,利用mRNA-Seq技术对家兔脾脏进行转录组测序与分析,以正常家兔基因组为参考,筛选出差异表达基因并进行GO功能富集分析和KEGG信号通路分析,并利用实时荧光定量PCR方法对部分差异基因进行验证。结果表明:与对照组相比,感染C株后T1样本获得的上调基因和下调基因分别有61个和25个,T2样本分别有22个和8个。T1样本差异基因映射到109个GO条目,T2样本差异基因映射到61个GO条目,T1和T2样本差异基因均富集到代谢过程和细胞进程。T1样本差异基因主要富集在趋化因子信号通路、细胞因子与其受体通路、细胞周期通路、RIG-Ⅰ样受体信号通路和Toll样受体信号通路,T2样本差异基因主要富集在精氨酸和脯氨酸代谢通路、维生素B6代谢通路以及钙信号通路。实时荧光定量PCR验证结果与mRNA-Seq技术的分析结果基本一致。说明家兔感染C株后,T1样本主要通过免疫反应抵抗、清除病毒,T2样本主要通过细胞代谢相关基因的调控来恢复机体细胞的正常功能。