乳腺癌-冠心病共享生物标志物筛选

作     者：魏思昂 丁志文 冯江浩 郝琴琴 冯焱 WEI Si-ang;DING Zhi-wen;FENG Jiang-hao;HAO Qin-qin;FENG Yan

作者机构：山西农业大学生命科学学院太谷030801 复旦大学中山医院心血管病研究所上海200032 

出 版 物：《科学技术与工程》 (Science Technology and Engineering)

年 卷 期：2021年第21卷第6期

页      面：2218-2224页

学科分类：1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100104[医学-病理学与病理生理学] 10[医学] 

基　　金：山西省回国留学人员科研资助项目(2017-067) 国家自然科学基金(81900245)。 

主　　题：生物信息学 肿瘤心脏病 乳腺癌 冠心病 信号通路 蛋白质-蛋白质相互作用 

摘      要：运用生物信息学方法筛选乳腺癌-冠心病标志物,为乳腺癌诱发的冠心病治疗提供潜在的作用靶点。从基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载乳腺癌和冠心病相关表达谱芯片数据,使用GEO2R筛选差异表达基因,依据Venn图交集获取差异共表达基因,通过DAVID网站进行基因功能注释(gene ontology,GO)及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)生物功能富集分析,STRING网站和Cytoscape 3.7.2软件进行蛋白互作分析。GEPIA和Kaplan-Meier Plotter进行对乳腺癌患者hub基因mRNA表达水平和预后分析。结果表明:2个数据集筛选得到差异表达基因286个,基于在乳腺癌中mRNA显著性表达水平筛选出45个基因。GO功能富集分析发现差异表达基因主要在泛素蛋白转移酶活性、糖蛋白结合、泛素蛋白连接酶结合等生物学过程发挥作用。KEGG分析显示差异基因主要参与缝隙连接、肾素分泌、5-羟色胺能突触、谷氨酸能突触、血管平滑肌收缩、血小板活化、癌细胞蛋白多糖等多条信号通路。基因mRNA表达水平和预后分析显示NLN、POSTN、MAPT、MYO6、MAP1B、FBXO31、KIT、PIK3R1等8个与冠心病相关的hub基因参与乳腺癌的发生、发展过程。NLN、POSTN、MAPT、MYO6、MAP1B、FBXO31、KIT、PIK3R1可作为检测乳腺癌诱导冠心病的潜在标志物。