日本蛇根草转录组数据的功能注释及SSR标记开发

作     者：张子楠 张潮 唐汉青 相孟达 董溪 汤晓辛 Zhang Zinan;Zhang Chao;Tang Hanqing;Xiang Mengda;Dong Xi;Tang Xiaoxin

作者机构：贵州师范大学生命科学学院西南喀斯特山地生物多样性保护国家林业局重点实验室贵阳550001 贵州师范大学贵州省植物生理与发育调控重点实验室贵阳550001 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2021年第19卷第5期

页      面：1614-1623页

学科分类：1008[医学-中药学(可授医学、理学学位)] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金委员会-贵州省人民政府喀斯特科学研究中心项目(U1812401) 国家自然科学基金(31560184,31300317,31760076) 贵州省科技合作计划项目(2019,LH-7374,LH-7764) 贵州师范大学博士科研启动基金(11904/0518046,11904/0514016)共同资助 

主　　题：日本蛇根草(Ophiorrhiza japonica) 转录组 SSR 生物信息学 功能注释 

摘      要：日本蛇根草(Ophiorrhiza japonica)具有很好的观赏价值和药用价值,但基因组信息相对缺乏,导致其分子生物学和基因功能的研究受到限制。为了获得和挖掘日本蛇根草的基因数据和功能,本研究利用日本蛇根草RNA-seq转录组数据进行分析,总共产生8.48 GB数据;对所有单基因在KEGG通路数据库进行分析,共有131913个单基因被分配给KO(KEGG orthology),并定位到20个二层通路129个不同的通路。Unigene功能注释,获得GO分类条目134644条Unigenes;获得COG注释Unigenes 67961条,其中通用预测Unigenes最多。在28483条单基因簇中获得37070个简单重复序列(SSR),出现频率为16.25%,发生频率为12.49%,其平均长度为20 bp。通过设计进行筛选获取20379对SSR引物,随机筛选50对引物进行验证证明SSR引物具备有效性,日本蛇根草SSR位点具有较高的多态性潜能,对遗传多样性的鉴定具有潜在的开发价值。综上所述,本研究提供了有价值的基因研究和分子研究的信息来源,将为功能基因的克隆、基因表达、分子标记开发和遗传多样性研究提供帮助。