273份水稻种质资源的遗传多样性、群体结构与连锁不平衡分析

作     者：董俊杰 曾宇翔 季芝娟 梁燕 杨长登 DONG Junjie;ZENG Yuxiang;JI Zhijuan;LIANG Yan;YANG Changdeng

作者机构：中国水稻研究所水稻生物学国家重点实验室杭州310006 

出 版 物：《中国水稻科学》 (Chinese Journal of Rice Science)

年 卷 期：2021年第35卷第2期

页      面：130-140页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0901[农学-作物学] 

基　　金：浙江省育种专项(2016C02050-4) 

主　　题：水稻种质资源 遗传多样性 群体结构 连锁不平衡 

摘      要：【目的】评估273份水稻种质资源的遗传多样性和群体结构,为今后利用这些水稻种质资源进行遗传育种和关联分析提供参考。【方法】利用214个分子标记对来自14个国家的273份水稻地方品种和育种材料进行基因型检测,分析其遗传多样性、群体结构、连锁不平衡程度。【结果】群体结构分析将供试群体划分为2个亚群(SG1、SG2)以及1个混合群(AD),聚类分析和主成分分析结果与群体结构分析结果一致;遗传多样性分析结果显示,214个标记共检测到524个等位变异,变幅为2~5个,平均遗传多样性指数为0.44,平均多态性信息含量(PIC)为0.355,SG2群遗传多样性指数和PIC高于SG1群;分子方差分析表明34%的变异来源于种群内,66%的变异来源于种群间,SG1与SG2群体间存在显著的遗传分化(Fst=0.725,P0.01);连锁不平衡分析结果显示,整个群体中存在较高程度连锁不平衡,平均r2为0.33,SG1和SG2中连锁不平衡衰减到75%以下所延伸的最小距离分别为13.7 Mb和90.5 kb。【结论】273份水稻种质资源群体内具有丰富的遗传变异,该群体适合通过关联作图来挖掘优异等位基因。