肌层与非肌层浸润性膀胱癌差异基因的生物信息学分析

作     者：李攀 曹金龙 姚志强 汉大黎 吴昊 张向向 陈朝虎 田俊强 Li Pan;Cao Jinlong;Yao Zhiqiang;Han Dali;Wu Hao;Zhang Xiangxiang;Chen Chaohu;Tian Junqiang

作者机构：兰州大学第二医院泌尿外科兰州730030 

出 版 物：《重庆医科大学学报》 (Journal of Chongqing Medical University)

年 卷 期：2021年第46卷第1期

页      面：57-64页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

基　　金：中央高校基本科研业务费专项资金资助项目(编号:561219007) 甘肃省卫生行业科研计划资助项目(编号:GSWSKY2017-10) 甘肃省兰州市城关区科技局科技攻关类资助项目(编号:2017KJGG0052) 兰州大学第二医院博士科研启动基金资助项目(编号:ynbskyjj2015-2-7) 兰州大学第二医院“萃英科技创新”计划资助项目(编号:CY2017-BJ16) 兰州大学第二医院萃英研究生指导教师培育计划资助项目(编号:201704) 

主　　题：膀胱癌 生物信息学 基因芯片 差异表达基因 

摘      要：目的:筛选膀胱癌(bladder cancer,BC)进展关键基因,探讨其生物学作用并为寻找潜在的治疗靶点提供依据。方法:从GEO数据库中检索获取BC患者的基因芯片数据,经R软件筛选肌层浸润性膀胱癌(muscular invasive bladder cancer,MIBC)与非肌层浸润性膀胱癌(non-muscle invasive bladder cancer,NMIBC)差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并用clusterProfiler软件包进行DEGs功能注释、通路分析。利用STRING在线数据库联合Cytoscape软件进行蛋白互作(proteinprotein interaction,PPI)网络分析,筛选中枢基因。用GEPIA在线分析工具中的TCGA数据库进行预后分析,筛选关键基因。在Oncomine肿瘤数据库中验证关键基因表达水平,并导入SPSS 22.0软件进行统计学分析。再基于THE HUMAN PROTEIN ATLAS免疫组化结果,验证关键基因在不同侵袭性BC中的表达水平。结果:共筛选出DEGs 193个,其中表达上调116个,表达下调77个。这些基因主要涉及细胞外基质组织的生物过程、细胞组分构成、分子功能及MAPK信号通路。PPI分析获得65个中枢基因,预后分析得到6个关键基因的表达水平与BC患者总生存时间差异具有统计学意义(P0.01)。Oncomine数据库验证表明CXCL12、ANXA5、ACTA2、TAGLN、COL6A2等5个关键基因在MIBC中明显上调,PPARG在MIBC中明显下调(P0.05)。结论:细胞外基质的生物作用、MAPK通路及6个关键基因(CXCL12、ANXA5、ACTA2、TAGLN、COL6A2、PPARG)对肿瘤侵袭的改变可能成为抑制BC进展的潜在治疗靶点。