基于SLAF-seq技术构建栽培草莓高密度遗传图谱

作     者：董辉 杨莉 李莉 张建军 范婧芳 宋世佳 杨雷 李海山 DONG Hui;YANG Li;LI Li;ZHANG Jianjun;FAN Jingfang;SONG Shijia;YANG Lei;LI Haishan

作者机构：河北省农林科学院石家庄果树研究所河北石家庄050061 河北省农林科学院河北石家庄050031 河北省植保植检总站河北石家庄050035 

出 版 物：《华北农学报》 (Acta Agriculturae Boreali-Sinica)

年 卷 期：2020年第35卷第6期

页      面：52-57页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090201[农学-果树学] 

基　　金：河北省自然科学基金资助项目(C2018301047) 河北省高层次人才资助项目(A201802016) 河北省科学技术研究与发展计划项目(16226313D-4) 河北省农林科学院创新工程项目(C19C0701-03) 河北省农林科学院创新团队项目(F20E06001-2) 河北省农林科学院青年基金项目(2018100103) 

主　　题：栽培草莓 SLAF-seq SNP标记 高密度遗传图谱 

摘      要：为大量开发SNP用于构建栽培草莓高质量的遗传图谱,以国产草莓品种红星为母本,日本草莓品种红颜为父本构建F1群体,采用SLAF-seq技术和HighMap软件,对2个亲本和200个F1子代群体进行高通量测序、SNP标记的开发及高密度遗传图谱的构建。通过高通量测序,共获得565919066 reads,平均质量Q30为95.36%,平均GC含量为39.68%,样本GC分布正常。通过生物信息学分析,共获得717881个SLAF标签,2136939个SNP标记,其中有56237个SNP为高质量标记可用于遗传图谱标记的定位和构建。共构建了28个连锁群,总图距为4022.16 cM,该图SNP标记14412个,完整度为99.84%,标记间的平均距离为0.28 cM。通过对遗传图谱单体来源进行评估,结果表明每个个体中较大区段均来源于亲本;通过连锁关系热图对相邻标记间的连锁关系进行分析,结果表明,每个连锁群上的大部分标记顺序与基因组保持一致,标记顺序正确,图谱质量高。这是栽培草莓中首次采用SLAF-seq技术构建的高密度SNP遗传图谱,为栽培草莓的遗传研究和分子标记辅助育种奠定了基础。