博莱霉素诱导小鼠肺纤维化中差异表达的mRNA及其与LncRNA的共表达网络关系

作     者：喻雪飞 李理 郑林鑫 李伟峰 YU Xuefei;LI Li;ZHENG Linxin;LI Weifeng

作者机构：广州中医药大学研究生院广东广州510405 解放军南部战区总医院广东广州510010 

出 版 物：《南方医科大学学报》 (Journal of Southern Medical University)

年 卷 期：2021年第41卷第1期

页      面：39-46页

核心收录：

学科分类：1002[医学-临床医学] 100201[医学-内科学(含：心血管病、血液病、呼吸系病、消化系病、内分泌与代谢病、肾病、风湿病、传染病)] 10[医学] 

基　　金：广州市科技计划项目(201607010310) 广东省自然科学基金(2014A030313596) 

主　　题：博莱霉素 肺纤维化 LncRNA mRNA 共表达分析 

摘      要：目的研究博莱霉素诱导的小鼠肺纤维化模型中mRNA/LncRNA表达谱的变化,筛选出肺纤维化相关的mRNA,与差异LncRNA进行编码-非编码共表达(CNC)生物信息学分析。方法采用气管内注射博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型。SPF级C57BL/6小鼠随机分为模型组(10只/组,向心端气管内注入100μL博来霉素溶液3 mg/kg)及对照组(10只/组,注入等量的0.9%的氯化钠注射液),于14 d时处死大鼠留取肺组织。通过Masson染色和HE染色评估组织肺纤维化程度。利用LncRNA芯片技术筛选肺纤维化过程中差异表达的mRNA与LncRNA表达谱,通过NCBI数据库、UCSC数据库等对差异mRNA进行GO及pathway等生物信息学分析,筛选出纤维化可能相关的mRNA,通过qRT-PCR验证其表达变化,进一步与所有差异表达LncRNA进行CNC共表达分析,构建纤维化可能相关mRNA与差异LncRNA共表达网络。结果模型组肺组织纤维化程度显著高于对照组。基因芯片显示与对照组相比,模型组中表达上调的mRNA有127个,表达下调的有184个,GO及pathway分析发现差异表达的基因在生物学功能上主要涉及免疫反应、细胞分化、细胞骨架等;参与的信号通路主要有细胞因子与细胞因子受体相互作用、趋化因子信号转导通路等。生物信息学分析发现纤维化相关mRNA与差异表达的LncRNA存在显著的共表达网络关系。结论本研究筛选出小鼠肺纤维化发生过程中差异变化mRNA/LncRNA表达谱,生物信息学分析得出纤维化相关mRNA确实与大量差异的LncRNA存在高度相关的共表达关系。