大10与白玉王桑椹转录组测序及差异表达基因分析

作     者：李若南 蔡冲 崔旭红 孙骏威 Li Ruonan;Cai Chong;Cui Xuhong;Sun Junwei

作者机构：中国计量大学生命科学学院浙江省生物计量及检验检疫技术重点实验室杭州310018 

出 版 物：《蚕业科学》 (ACTA SERICOLOGICA SINICA)

年 卷 期：2020年第46卷第4期

页      面：406-417页

学科分类：090504[农学-特种经济动物饲养（含：蚕、蜂等）] 0905[农学-畜牧学] 09[农学] 

基　　金：浙江省重点研发计划项目(2019C20274) 浙江省自然科学基金项目(LY17C150003,LY21C150007) 国家自然科学基金项目(31601695,31401923) 

主　　题：桑椹 转录组测序 品质差异 差异表达基因 

摘      要：对果桑品种大10和白玉王成熟期的桑椹进行转录组测序,分析对比2个品种桑椹相关基因表达谱的变化。提取桑椹RNA进行Illumina HiSeq 4000高通量测序,利用GO、KEGG等公共数据库进行功能注释、分类,利用数字基因表达谱技术对比分析。结果显示,测序得到32 155条基因序列,进一步富集得到3 560个差异表达基因,1 551个差异表达基因在GO数据库具有功能定义,537个差异表达基因注释到了KEGG数据库。GO数据库功能注释中,细胞组件类别的膜完整性差异表达基因430个,质膜差异表达基因245个,细胞壁差异表达基因46个,质外体差异表达基因35个。KEGG数据库功能注释关联到216个代谢途径,糖代谢相关途径主要有淀粉和蔗糖代谢、半乳糖代谢、果糖和甘露糖代谢、戊糖和葡萄糖醛酸相互转化,筛选到淀粉与蔗糖代谢途径的差异表达基因24个,细胞壁代谢途径的差异表达基因有14个,其中在大10中的表达高于白玉王的有8个,在大10中的表达低于白玉王的有6个。类黄酮物质代谢相关途径主要有苯丙烷类合成、类黄酮生物合成、黄酮和黄酮醇合成,筛选到花色苷合成的差异表达基因23个。结果表明,2种桑椹在糖代谢、细胞壁代谢、花色苷代谢相关的基因表达存在差异,研究结果可为进一步诠释桑椹品质调控分子机制提供参考。