circRNA_Dock6在急性呼吸窘迫综合征新生大鼠肺组织中的表达及其生物信息学分析

作     者：韩晶晶 许卫东 陶慧娴 卢志涛 杨远 陈旸 周晓光 Han Jingjing;Xu Weidong;Tao Huixian;Lu Zhitao;Yang Yuan;Chen Yang;Zhou Xiaoguang

作者机构：南京医科大学附属儿童医院检验科210008 张家港市第一人民医院儿科江苏苏州215600 南京医科大学附属儿童医院新生儿医疗中心210008 

出 版 物：《中华实用儿科临床杂志》 (Chinese Journal of Applied Clinical Pediatrics)

年 卷 期：2020年第35卷第23期

页      面：1817-1820页

学科分类：1004[医学-公共卫生与预防医学(可授医学、理学学位)] 1002[医学-临床医学] 100202[医学-儿科学] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金(81571476,81741086) 江苏省自然科学基金项目(BK20141080)。 

主　　题：急性呼吸窘迫综合征 circRNA miRNA 靶基因 信号通路 

摘      要：目的对应用circRNA高通量测序技术在急性呼吸窘迫综合征(ARDS)新生大鼠肺组织中筛选出差异表达的circ_Dock6进行体内验证,并通过生物信息学方法预测其相对应的miRNA靶基因,分析其所参与的生物学过程及富集的信号通路。方法采用实时定量PCR技术检测ARDS组(12只)和正常对照组(12只)新生大鼠肺组织circ_Dock6表达变化。应用TargetScan、RNAhybrid和miRanda数据库预测circ_Dock6可能的募集miRNAs及其对应的靶基因,并对各个miRNA的靶基因进行功能富集分析和信号通路富集分析。结果ARDS组新生大鼠肺组织circ_Dock6表达(0.44±0.29)较正常对照组(1.63±1.33)显著下调(t=2.060,P0.05)。用3个数据库得到circ_Dock6可能募集的miRNAs(miR-24-3p、miR-667-3p、miR-711、miR-203b-5p、miR-5132-5p等)的靶基因交集情况;对前述靶基因的合集进行注释描述、富集分析,其靶基因的功能参与调控多种生物学过程,包括各种细胞蛋白质代谢、蛋白质氨基酸磷酸化、DNA依赖性转录调节、生物调节、组织器官发育、细胞分化、信号调节、基因表达、对刺激的反应性调节等;细胞组分富集分析可见靶基因集合富集于细胞内、细胞器、细胞质、细胞核等几乎所有细胞组分上;分子功能富集分析可见其具有转移酶活性、转录因子活性、磷酸转移酶活性等功能。所涉及的信号通路包括富集于丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路等均与ARDS密切相关;circ_Dock6在ARDS发病过程中可能发挥重要作用。结论circ_Dock6可能与新生儿ARDS的发病机制密切相关,通过生物信息学分析对其靶基因与相关信号通路的预测,为进一步探讨其作用机制奠定了基础。