检索结果-南通市图书馆

中国荷斯坦牛体细胞评分全基因组关联分析及候选基因SNPs与生产性能的关联性研究

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

中国荷斯坦牛体细胞评分全基因组关联分析及候选基因SNPs与生产性...

作者：刘钉钉扬州大学

学位级别：硕士

中国荷斯坦牛是我国最主要的奶牛品种,有重要的经济价值。奶牛生产性能受多种因素影响,为探究不同候选基因SNPs和部分非遗传因素对江苏地区中国荷斯坦牛生产性能的影响,并进一步挖掘与奶牛乳腺炎显著相关的候选基因,揭示更多与乳腺炎相... 详细信息

中国荷斯坦牛是我国最主要的奶牛品种,有重要的经济价值。奶牛生产性能受多种因素影响,为探究不同候选基因SNPs和部分非遗传因素对江苏地区中国荷斯坦牛生产性能的影响,并进一步挖掘与奶牛乳腺炎显著相关的候选基因,揭示更多与乳腺炎相关的遗传变异,为荷斯坦牛的乳腺炎的抗病分子选育提供了参考依据。本研究首先利用多因素方差分析模型对收集的DHI测定数据进行动态分析,揭示其变化规律。其次,使用随机回归测定日模型,分析江苏地区8580头荷斯坦牛的86281条测定日记录数据,对荷斯坦牛体细胞评分进行遗传参数估计。同时,利用调整后的表型,使用FarmCPU方法对奶牛体细胞评分进行全基因组关联分析,筛选显著SNPs和候选基因。基于全基因组关联分析的结果,选取ABCG2、CD44和SPP1等候选基因,进行SNPs筛查,并与生产性能进行关联分析。具体结果如下:1.对影响江苏地区荷斯坦牛生产性能非遗传因素分析发现,不同胎次、季节、产犊季节、泌乳月等均对江苏地区荷斯坦牛产奶量、乳脂率、乳蛋白率、乳尿素氮和体细胞评分产生极显著的影响（p＜0.01）。产奶量与乳脂率、乳蛋白率、体细胞评分均存在极显著负相关（p＜0.01）。2.对江苏地区中国荷斯坦牛体细胞评分进行了遗传参数估计和全基因组关联分析,发现其体细胞评分遗传力为0.18;奶牛体细胞评分的加性遗传方差和遗传力在泌乳期内均呈先上升再下降的变化趋势;奶牛体细胞评分的永久环境方差在泌乳期间呈下降趋势;不同胎次奶牛体细胞评分在不同泌乳日间的遗传相关性和永久环境相关性均随着时间的增加而下降;共发现了 6个显著相关SNP位点（rs135806474、rs41256968、rs41566683、rs109267271、rs134115197、rs109756462）（p＜0.05）;对显著 SNPs 相关基因进行富集分析,在KEGG通路上共发现8个显著相关通路（bta04512、bta04620、bta04510、bta00970、bta05169、bta05417、bta04215、bta04010）（p＜0.05）,共覆盖 7个基因;GO富集分析中,8个基因富集的22个GO术语被保留。PKD2、KCNAB1、SPP1、IBSP、ABCG2、SLC35A4、CD14和CD44这8个基因可作为奶牛体细胞评分的候选基因,以供进一步探究。3.对ABCG2、CD44和SPP1三个基因与奶牛生产性能进行关联分析。其中ABCG2、CD44和SPP1基因分别检测到4个、4个和2个SNP位点,这10个SNP位点的不同基因型显著影响中国荷斯坦牛的产奶量、乳脂率、乳蛋白率、体细胞评分和尿素氮含量等生产性能。其中,ABCG2-g.80952G＞T 位点、ABCG2-g.120017G＞A 位点和 CD44-g.2294G＞C位点不同基因型对奶牛体细胞评分影响极显著（p＜0.01）。携带ABCG2-g.80952G＞T位点的GG基因型、ABCG2-g.120017G＞A位点的AA和GG基因型、CD44-g.2294G＞C位点GG基因型的奶牛体细胞评分较低。

关键词：荷斯坦牛全基因组关联分析体细胞评分 SNP 生产性能

苏北地区奶牛乳腺炎病原菌流行病学调查及大肠杆菌耐药性与毒力基因相关性分析

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

苏北地区奶牛乳腺炎病原菌流行病学调查及大肠杆菌耐药性与毒力基...

作者：赵静雯扬州大学

学位级别：硕士

奶牛乳腺炎是在奶牛养殖业中最常见、发病率最高的疾病之一,而大肠杆菌是世界范围内引起奶牛乳腺炎的主要病原菌。随着抗生素的应用,使耐药菌得以选择性地进化,多重耐药菌株的出现导致大肠杆菌的耐药性问题日渐严重,对抗生素产生耐药的... 详细信息

奶牛乳腺炎是在奶牛养殖业中最常见、发病率最高的疾病之一,而大肠杆菌是世界范围内引起奶牛乳腺炎的主要病原菌。随着抗生素的应用,使耐药菌得以选择性地进化,多重耐药菌株的出现导致大肠杆菌的耐药性问题日渐严重,对抗生素产生耐药的大肠杆菌正在成为兽医和公共卫生的潜在威胁。本研究采集苏北地区3个规模化牧场的奶牛临床乳腺炎乳样,进行病原菌流行病学调查,分离鉴定主要病原菌。对大肠杆菌分离株的耐药表型、耐药基因和毒力基因进行了检测,鉴定其系统发育分型,探讨了耐药表型与毒力基因、种系发育分型的相关性。旨在了解苏北地区奶牛乳腺炎感染的优势病原菌,大肠杆菌的耐药性、毒力基因的分布及二者的相互关系,为有效控制苏北地区大肠杆菌性奶牛乳腺炎的流行传播提供实验依据。本研究运用细菌培养和16SrDNA的方法对苏北地区3个规模化牧场的156份临床乳腺炎乳样进行细菌的分离鉴定,结果显示:在采集到的156份奶样中,分离出细菌12种共289株,无菌奶样13份,细菌总检出率为91.67%;其中大肠杆菌的最多,有78株,流行率为26.99%,其次是克雷伯氏菌67株（23.19%）、葡萄球菌38株（13.15%）。采用K-B纸片扩散法对78株分离自苏北牧场奶牛乳腺炎乳样的大肠杆菌进行药物敏感实验,结果显示:对林可霉素、青霉素、阿莫西林和头孢噻吩表现耐药,其中林可霉素的耐药率为66.7%,青霉素的耐药率为60.2%,头孢噻吩的耐药率为57.7%,阿莫西林的耐药率为55.1%;对庆大霉素和四环素最敏感,敏感率达83.3%,其次是链霉素和环丙沙星,分别为73.1%和71.8%。通过PCR检测β-内酰胺类blaTEM、blaCTX-M、blaSHV,氨基糖苷类armA、armB,四环素类tetA、tetB、tetC和喹诺酮类qnrS、qepA、oqxA、oqxB等12种耐药基因。其中所有大肠杆菌都携带blaTEM基因,blaCTX-M 检出率为 53.8%,blaSHV（20.5%）、armA（9.0%）、tetA（26.9%）、tetB（2.6%）、tetC（20.5%）、qnrS（29.5%）、oqxA（37.2%）和 oqxB（1.3%）等 8 种耐药基因检出率较低,未检测到armB和qepA基因。运用PCR扩增技术,对78株大肠杆菌进行系统发育分型和f17A、fimH、papC、sfaD、afaD-8、afaE-8、stx1、stx2、cnf1、cnf2、LT1、STb、hlyA、iucD、colV、ompC、ompF、irp2、fyuA、eaeA、ler和Ecs3703等22种毒力基因的检测。结果显示:A型占37.2%,B1 型占 52.5%,B2 型占 1.3%,D 型占 9.0%。共检出 ompC（98.7%）、fimH（94.9%）、ECs3703（92.3%）、ompF（82.1%）、irp2（32.1%）、fyuA（32.1%）、iucD（24.4%）和f17A（1.3%）等8种毒力基因,其余14种毒力基因未被检测出。这78株大肠杆菌中B1型最多,其携带的毒力基因种类也最多。运用SPSS软件等统计方法对78株大肠杆菌的耐药性与毒力基因进行了相关性分析。结果表明,耐药表型与毒力基因、系统发育分型之间存在不同程度的相关性。

关键词：奶牛乳腺炎大肠杆菌耐药性系统发育分型毒力基因相关性分析

铅和镉在奶牛场中的污染评估及其对乳腺毒理效应的研究

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

铅和镉在奶牛场中的污染评估及其对乳腺毒理效应的研究

作者：路钦越扬州大学

学位级别：硕士

随着人们生活水平不断提高,我国居民膳食结构中的畜肉类及奶制品比例不断提高。但是,鲜奶及奶制品的人均摄入量仍有很大的提升空间。《中国居民膳食指南》(2016版)和《新型冠状病毒感染的肺炎防治营养膳食指导》(2020年2月8日颁布)中的... 详细信息

随着人们生活水平不断提高,我国居民膳食结构中的畜肉类及奶制品比例不断提高。但是,鲜奶及奶制品的人均摄入量仍有很大的提升空间。《中国居民膳食指南》(2016版)和《新型冠状病毒感染的肺炎防治营养膳食指导》(2020年2月8日颁布)中的膳食指导内容就多次提到奶及奶制品。奶牛作为重要的奶用家畜,其由乳腺分泌的主要经济产品牛奶不仅具有极高营养价值,对许多疾病也有良好的预防和保健功能。因此,乳腺的健康和功能性对于奶牛养殖有着至关重要的作用。奶牛乳腺的健康和功能性会受到多种因素的影响,包括遗传因素、饲养管理水平和环境因素等,此前研究人员大多将目光关注于通过改善遗传因素提高奶牛乳腺功能,但近年来,环境污染问题成为了越来越严重的全球性问题,社会对奶及奶制品质量和安全给予了高度的关注。其中,重金属对奶及奶制品的污染已成为公认的一种重要的环境污染形式,给人类和生态环境造成了严重的危害。铅和镉是常见的有毒重金属污染物,作为农畜牧业和工业来源的污染物,铅和镉在自然环境中都会出现暴露现象。如果奶牛乳腺受到铅和镉等有害物质的损害,可能会影响奶牛的产奶量和乳质量,导致奶牛出现健康问题和生产性能下降。因此,对奶牛场中重金属进行污染评估及其对奶牛乳腺毒理效应的研究具有重要的理论和现实意义。本研究通过实地采样分析与实验室研究,深入评估奶牛场中铅和镉的污染程度,阐明铅和镉对乳腺的毒理效应,以期提高公众对乳制品质量安全的认识,为制定新的防控策略提供实际参考,也为其他重金属等有害物质的防控提供研究思路和理论支持。本研究的主要结果如下:1.江苏部分地区奶牛场中铅与镉含量分布特征及污染评估的研究通过对三个奶牛场的土壤与粪便采样,确定了铅与镉在三个奶牛场的空间分布与聚类,基于已获数据与江苏省土壤数据,对奶牛场铅与镉造成的污染进行评价,结果表明,铅带来的污染较低,镉致多个地区出现中度污染。结合奶牛场土壤的pH值、有机质含量与土壤中铅/镉的含量进行决策树分析,结果发现pH值对土壤中铅与镉含量具有极显著影响。2.镉暴露在乳腺中的功能研究分别在体内与体外对乳腺组织与乳腺上皮细胞进行镉暴露处理,利用荧光定量PCR、流式细胞术检测、EdU增殖检测、H&E染色、TUNEL检测、透射电子显微镜、等技术分析了镉暴露对乳腺与细胞造成的危害及毒理作用。发现镉暴露会引起乳腺包括乳腺上皮细胞的炎症反应,调控乳腺组织中细胞的凋亡率与增殖能力,使细胞质受损,出现氧化应激现象。同时通过高通量测序对镉暴露期间差异表达的miRNA进行鉴定,发现42个表达显著差异的miRNA可作为后续研究方向。3.铅暴露及miR-146a在乳腺中的功能研究通过对相关基因表达量的检测与蛋白免疫组化验证,发现铅暴露会引起乳腺包括乳腺上皮细胞的炎症反应,通过H&E染色、TUNEL检测和EdU检测发现铅暴露还会调控乳腺组织中细胞的凋亡率与增殖能力,透射电子显微镜也显示铅暴露对细胞带来了巨大的损伤。进一步的,通过对铅诱导的mRNA表达谱进行测序与分析,发现了包括IRAK1在内的90个显著差异表达基因。通过荧光定量PCR、流式细胞术检测、EdU增殖检测、H&E染色、迁移测定、蛋白免疫组织化学等技术验证了 miR-146a与IRAK1的功能,通过TUNEL检测确认了铅暴露、miR-146a、IRAK1的功能及其相互之间的关系。综上所述,选定的奶牛场中存在铅与镉的暴露现象,且铅与镉的存在已经给部分地区带来较严重的污染,而pH值可作为奶牛场中铅/镉暴露的潜在预测指标。奶牛场中的铅与镉暴露会影响奶牛乳腺健康,在应对铅与镉暴露时,乳腺组织及细胞会接受严重损害,包括miR-146a与IRAK1在内的多个新鉴定的miRNA与mRNA可作为风险评估指标参与预测,其中铅暴露会通过miR-146a与IRAK1作用于乳腺组织与细胞。结果表明,重金属的存在对奶牛健康养殖的发展造成极大阻碍,仍需提高饲养水平,加强养殖环控,彻底杜绝包括铅与镉在内的重金属的环境存在与暴露。

关键词：铅镉奶牛场污染奶牛乳腺毒理效应

网络暴力中的话语权力作用机制研究 ——以网络谣言类事件为例

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

网络暴力中的话语权力作用机制研究 ——以网络谣言类事件为例

作者：刘芳丹黑龙江省社会科学院

学位级别：硕士

随着信息技术的快速发展和互联网的不断普及,网民群体规模不断扩大,随之而来网络暴力问题日益凸显,尤其是近几年其发生频率之多、后果影响之恶劣,严重损害着个人的身心健康和社会的稳定,引发学界的关注和重视。网络暴力的出现有着极为... 详细信息

随着信息技术的快速发展和互联网的不断普及,网民群体规模不断扩大,随之而来网络暴力问题日益凸显,尤其是近几年其发生频率之多、后果影响之恶劣,严重损害着个人的身心健康和社会的稳定,引发学界的关注和重视。网络暴力的出现有着极为复杂的成因,需要全面和深入地认识这一现象,尽管目前已有很多相关方面的研究成果,但对于解决这一问题的效果有限,因此需要寻找新的思路来拓宽和深化网络暴力的研究。本文将网络暴力视为一种话语暴力,从福柯的话语权力理论出发,并选取2022年发生的“刘学州自杀事件”作为深度个案,研究网络暴力现象的其中一种类型——网络谣言型网络暴力,深入探讨话语权在该事件发生发展过程中的作用以及哪些行为主体参与其中发挥了怎样的作用。在此基础上,对网络谣言在话语权博弈背后的成因进行分析,最后研究分析在话语生产与控制策略下网络谣言演变为网络暴力过程中的内在逻辑。“刘学州自杀”事件的发生有其特定的语境,通过还原事件过程发现,正是由于参与事件的当事人、网络媒体和网民群体等不同主体对于话语权的争夺推动了事件的发生发展,且谣言是其争夺话语权的一种手段,导致不明真相的网民群体利用话语权优势对当事人实施网络暴力。首先,在互联网时代,信息意味着资本和话语权,金钱至上主义充斥网络空间,一些功利的网络媒体或个人为追求更多的流量,不惜制造或传播虚假信息,从而成为网络谣言滋生的温床,而网民大众在“碎片化”信息背景下辨别和思考能力不足以分辨出信息的真伪,进而加剧谣言的传播。其次,为博取网民的眼球和信任,一些网络谣言多涉及道德问题,为彰显道德正义感,人们便会通过“标签化”歧视手段剥夺当事人的话语权并对其进行批判和攻击。作为网络空间中的重要主体,某些网络媒体会在某些事件过程中借助自身在信息传播过程中天然的技术和信息优势形成话语霸权,通过制造争议、转移焦点来生产和传播网络谣言。而网民群体一方面由于本身存在的信息偏差,且总是习惯于浏览自己感兴趣的内容,久之便处于“信息茧房”之中,导致情绪和思想上陷入主观和极端,另一方面,现实生活中存在的矛盾和冲突不能有效解决且缺乏利益诉求的渠道,这加剧了人们特别是弱势群体在网络空间中负面情绪的宣泄,引发社会情绪上的冲动、易怒,导致谣言和暴力充斥其中。正是在网络媒体和网民群体等合力的话语霸权下一步步推动网络谣言演变为网络暴力,不顾事件真相对当事人进行猛烈批判,从而掀起网络暴力的浪潮。

关键词：网络谣言网络暴力话语话语权力

用生成主义认识论打开布尔迪厄的惯习黑箱 ——另一种视角下的惯习

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

用生成主义认识论打开布尔迪厄的惯习黑箱 ——另一种视角下的惯习

作者：崔赫黑龙江省社会科学院

学位级别：硕士

惯习概念的提出与布尔迪厄对实践的关注有关,理论和实践之间存在着差异,理论逻辑认识事物的方式是以对象化和客观化为前提的,而行动者因为和社会情景之间有一个“内在的”关系,其中包含着“未思”的成分,所以行动者的行动更多地遵循着... 详细信息

惯习概念的提出与布尔迪厄对实践的关注有关,理论和实践之间存在着差异,理论逻辑认识事物的方式是以对象化和客观化为前提的,而行动者因为和社会情景之间有一个“内在的”关系,其中包含着“未思”的成分,所以行动者的行动更多地遵循着一种“做”的逻辑,布尔迪厄将这种“做”的逻辑称为实践逻辑。实践着的行动者拥有的“知识类型’并不同于旁观者经过理性分析得出的一些命题性的知识,实践中的知识以惯习的方式被行动者所掌握,惯习体现为一种和事物打交道的方式。惯习具有深刻的认识论意涵,本文看到了用生成主义认识论解释惯习理论的可能性。二者都有反理智主义的倾向,都转向了”实践“和”行动“研究,这种认识上的转变是理解惯习的重要前提,此内容呈现在本文的第三章节。第四章集中探讨惯习何以与场域相契合,生成主义认识论给出了答案。在了解惯习的思想背景和核心内容后,我们需要确定惯习的几个维度,让惯习更加具象化,本文第五章作出了这样的努力,惯习可能表现为一种“亲知”、“判断力”或者是“能力之知”。本文主要采用文献阅读的研究方法,在理论之间开展对话。用生成主义认识论来理解惯习理论是笔者所作的一次有益尝试。理解惯习理论还有很长的一段路要走。

关键词：惯习生成主义认识论实践布尔迪厄

易地扶贫搬迁女性的家庭地位变化研究 ——以H县D安置点为例

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

易地扶贫搬迁女性的家庭地位变化研究 ...

作者：陆婉婷黑龙江省社会科学院

学位级别：硕士

本文选取城镇安置的易地扶贫搬迁移民为研究对象,从社会性别视角出发,在易地扶贫搬迁政策实施背景下分析父权制社会关系的变动及其对女性家庭地位的影响,试图探讨非性别视角的发展性政策对女性权益及家庭性别关系的作用。研究以女性主... 详细信息

本文选取城镇安置的易地扶贫搬迁移民为研究对象,从社会性别视角出发,在易地扶贫搬迁政策实施背景下分析父权制社会关系的变动及其对女性家庭地位的影响,试图探讨非性别视角的发展性政策对女性权益及家庭性别关系的作用。研究以女性主义父权制理论为基础,将父权制社会关系分为配置型资源和权威性资源,比较搬迁前后资源变化及其对女性家庭资源享有、家庭事务决策参与度、相对独立性和自主权、家务劳动负担程度、家庭地位满意度和家庭地位依附性的影响,进而探讨新时期易地扶贫搬迁政策背景下女性在家庭内的从属程度和地位依附性发生了怎样的改变,如何发生的改变。对这一问题的回答有利于完善对女性家庭地位形成机制的认识,从而为性别平等实践提供理论参考。研究结果表明易地扶贫搬迁政策对父权制社会关系的多个结构产生了影响,包括家庭居住形式、性别分工模式以及女性个人的公共参与情况、自我意象、社会定位与对父权制度的认知,进而减少了女性家庭地位的依附性,从而凸显了家庭内劳动的价值、维护了女性参与有酬劳动的机会并提升了女性对自身主体性和独立性的认识,进而提升了移民女性在家庭事务与个人事务中的独立性和主动性,使其在主客观上都处于较为理想的家庭地位,尤其是有助于提升其主观家庭地位。此外,目前移民女性家庭地位来源构成丰富,体现了较低的依附性。但其中也隐藏有因性别分工固化而加重依附性的风险。女性的“双重劳动”负担加重且有酬劳动机会依然不足。一是定居行为提升了家庭生活期望进而增加了家庭事务内容,使女性家务劳动任务加重;二是男性外出务工、女性留守顾家的拆分式家庭生活及两性的薪酬差距使夫妻双方几乎没有分担家庭内劳动的余地。三是是以在地灵活就业为主的移民女性可从事工作的劳动回报普遍较低,与正式工作回报相当的岗位则由专项政策直接提供并有数量和就职时长的限制,存在被挤出有酬劳动领域的风险。四是H县易地扶贫搬迁政策在落实中亦有环节受父权制认知不足的影响,使女性在不动产方面经济风险相对更大。

关键词：女性家庭地位父权制易地扶贫搬迁

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

种子引发对披碱草和老芒麦抗旱性的影响

种子引发对披碱草和老芒麦抗旱性的影响

作者：李月吉林农业大学

学位级别：硕士

由于全球气候变化的影响,异常温度和极端天气时有发生,环境因子尤其是不规则的降水和不可预测的极端温度导致对植物的影响程度加剧。披碱草和老芒麦是披碱草属的主要栽培物种,是草原和草甸的重要组成部分,具有抗寒性、抗干旱性、耐碱性... 详细信息

由于全球气候变化的影响,异常温度和极端天气时有发生,环境因子尤其是不规则的降水和不可预测的极端温度导致对植物的影响程度加剧。披碱草和老芒麦是披碱草属的主要栽培物种,是草原和草甸的重要组成部分,具有抗寒性、抗干旱性、耐碱性、抗风沙等特性,具有较高的饲用价值。在实际生产中,由于种子萌发率低、出苗不齐等问题,给披碱草和老芒麦的栽培和利用带来较大困难,因此提高披碱草和老芒麦种子萌发率、幼苗整齐度成为其推广利用的主要难题。种子引发,也称为渗透调节,是一种种子播前预处理技术,种子进行水合作用,胚根突出前将种子回干至原重,为种子以后的萌发提前进行生理准备。种子引发能够产生“引发记忆”,提高种子的发芽速度和整齐度,提高种子和幼苗的抗逆性。本试验以披碱草和老芒麦种子为试验材料,通过种子吸水曲线、呼吸速率、引发后贮存时间来确定种子最佳引发时间;以水、褪黑素(0.1m M、0.2m M、0.4m M)、赤霉素(0.01g/L、0.06g/L、0.12g/L)、甘露醇(1%、3%、5%)、PEG(5%、10%、15%)为引发剂,引发12小时回干24小时后进行发芽试验,测定种子发芽率、发芽速度、幼苗活力等指标,筛选出最佳的引发剂及浓度;以筛选出的引发剂及相应浓度进行抗旱试验,种子发芽阶段测定种子发芽率、发芽速度、幼苗活力及TP、MDA含量、CAT、SOD酶活性,幼苗阶段试验测定幼苗出土率、出土速度、幼苗活力、根系总根长、投影面积、根表面积、平均直径、根长与根体积比、根体积、根尖数等指标,探究种子引发对披碱草和老芒麦种子及幼苗抗旱性的影响,主要结论如下:(1)披碱草和老芒麦种子的最佳引发条件为:20℃下,吸水12小时,回干24小时。(2)干旱胁迫下,各种引发剂在不同程度上促进种子萌发,其中赤霉素0.06g/L引发处理的效果最佳,显著提高了种子出苗率和出苗速度,增加披碱草和老芒麦种子CAT、SOD酶活性,增加蛋白含量,降低MDA含量。(3)赤霉素0.06g/L引发增加了根系的长度、投影面积、根表面积、平均直径、根长与根体积比、根体积及根尖数,有利于根系的生长和吸收水分,提高抗旱性。综上所述,赤霉素0.06g/L引发能够在种子发芽阶段和幼苗出土阶段提高披碱草和老芒麦的抗旱性,为披碱草和老芒麦在播种过程的出苗和建植提供种子预处理规程。

关键词：种子引发老芒麦披碱草发芽抗旱性

基于坏死性凋亡相关lncRNA在肝细胞癌中区分冷热肿瘤并构建预后风...

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

作者：郎琦中国医科大学

学位级别：硕士

背景和目的:肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）是全世界最常见的恶性肿瘤之一,排在我国癌症死因的第二位。我国是肝癌大国,肝癌的五年总生存率仅为14.1%。肝癌患者长期生存率低的原因有很多,如高危人群筛查率低;早期诊断率低,... 详细信息

背景和目的:肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）是全世界最常见的恶性肿瘤之一,排在我国癌症死因的第二位。我国是肝癌大国,肝癌的五年总生存率仅为14.1%。肝癌患者长期生存率低的原因有很多,如高危人群筛查率低;早期诊断率低,大多数患者在确诊时已经是中晚期;肝细胞癌的异质性导致新辅助治疗和免疫治疗效果有限;术后5年复发转移率高达40%-70%等。因此,探索更适合的筛查、诊疗和预测的方法极为重要。随着生物信息技术的快速发展,研究肝癌发生发展过程中的分子生物学变化,能够帮助评估患癌风险、寻找早期诊断或预测生存期的标志物、探索新的治疗靶点以及进行肿瘤分型。长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）是一类转录本长度超过200个核苷酸大小的RNA,不具备蛋白质编码能力。但近年来的研究表明,lncRNA具有广泛的生物学功能,在肝癌发生发展过程中扮演着重要的作用,可以调控肿瘤细胞的增殖、分化、侵袭以及转移等多种生物学过程,有望成为肝癌诊断及预后新的生物标志物和潜在的治疗靶点。坏死性凋亡是一种程序性细胞死亡方式,被发现在癌症的发生、发展、转移、免疫等生物学调控中发挥关键作用。近年的研究发现,lncRNA与癌细胞的程序性细胞死亡关系密切。本文旨在通过生物信息学方法,整合TCGA数据库中肝细胞癌的转录组数据和临床信息,筛选出与坏死性凋亡相关的lncRNA,并基于这些lncRNA进行肿瘤分型并构建预后风险模型,为肝癌患者的预后风险预测和免疫治疗提供参考和依据。研究方法:从癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）网站下载肝细胞癌（TCGA-LIHC）转录组测序数据和详细的临床资料。借助Perl语言脚本提取转录组数据表达矩阵,并继续提取lncRNA表达矩阵和m RNA表达矩阵。从已发表的文献中收集到67个坏死性凋亡相关基因。从m RNA表达矩阵中提取坏死性凋亡基因的表达量,得到坏死性凋亡基因的表达文件。然后将该文件与lncRNA的表达矩阵进行相关性检验,得到相关系数和相关性检验的p值并保留筛选后的lncRNA作为坏死性凋亡相关lncRNA（相关系数过滤标准cor Filter=0.4,p值过滤标准pvalue Filter=0.001）。利用“limma”R包筛选在肝癌和正常肝组织中差异表达的坏死性凋亡相关lncRNA（FDR＜0.05且|log FC|＞1）,然后将这些lncRNA的表达数据与整理后的生存资料合并。进行单因素COX回归分析（p＜0.05）,根据p值选择预后相关的lncRNA进行Lasso（Least absolute shrinkage and selection operator,Lasso）回归分析,以最小的λ值筛选出的lncRNA进行后续的多因素COX回归分析。将343位肝癌患者（删除生存时间未知,生存时间小于30天和生存状态未知的样本）按照1:1的比例随机分为训练组和测试组。基于多因素COX回归分析筛选出的坏死性凋亡相关lncRNA的表达量和回归系数构建预后风险模型,同时计算出每个肝癌患者的风险得分,根据训练组风险得分的中位值将样本分为高低风险两组。通过KaplanMeier分析、时间依赖的受试者工作特征（ROC）、nomogram、校准曲线来验证和评价模型。然后对高低风险组进行主成分分析（PCA）、免疫微环境和免疫检查点分析。最后利用筛选出的坏死性凋亡相关lncRNA的表达对肝癌患者分群,分析肿瘤分型间的差异。结果:本研究中肝癌的转录组和临床数据来源于TCGA数据库,经过相关性分析筛选得到1016个坏死性凋亡相关lncRNA。然后通过与正常组织进行差异分析,找到280个具有显著差异的坏死性凋亡相关lncRNA。对280个差异性表达的1nc RNA进行单因素Cox回归分析,以P＜0.05为筛选标准共得到27个差异性表达的1nc RNA与肝癌患者的预后有关。进一步通过LASSO回归分析,得到9个与肝癌患者的预后更相关的坏死性凋亡相关1nc RNA（P＜0.05）。将LASSO回归分析中得到的9个1nc RNA进行多因素Cox回归分析,提取每个lncRNA的表达量和回归系数,构建基于5个1nc RNA的肝癌预后风险模型,同时计算每一个样本的风险得分,根据训练组风险得分中位数将患者分为高、低风险两组。K-M生存曲线结果显示高风险组患者的预后较差（P＜0.01）,ROC曲线结果显示1年,3年和5年生存率的曲线下面积分别为0.802、0.704、0.685,表明该模型具有较好的预测能力。对肝癌免疫微环境和免疫检查点分析,结果提示高风险组免疫细胞浸润水平更高,大多数免疫检查点也在高风险组更多的被激活。这提示构建的风险模型可以根据肿瘤免疫微环境对肝癌患者进行区分,更有希望找到合适的免疫检查点抑制剂。利用这5个坏死性凋亡相关lncRNA的表达对肝

关键词：肝癌坏死性凋亡 lncRNA 免疫治疗预后模型